本會於1997年5月由王招萍女士(基金會執行長)發起成立,獲得當時雲林縣長廖泉裕認同,並請時任機要祕書的曾榮源先生協助籌募成立基金,於同年農曆七夕辦理大型遊園會,民間募款歷時半年,共募得新台幣二百萬元,於1998年2月召開成立大會,同年4月完成財團法人登記,機構名稱訂為「財團法人雲林縣雲萱婦幼文教基金會」,以倡導社會教育為目標。第一屆董事長是蘇文雄縣長。
2004年聘請第一位社工員從事防治家庭暴力社會服務工作,自此開啟社會福利專業服務工作,保護婦女與兒童少年,至2009年服務對象擴及男性單親家庭;有感於性別主流化,福利服務無性別之分,機構名稱乃去除「婦幼文教」,於2011年更名為「財團法人雲林縣雲萱基金會」。2018 年2月慶祝成立二十週年。下圖為二十週年慶活動。
2019年邁入第八屆,任期從 2019.2.3至2022.2.2,董事長楊薇蓁女士,王招萍女士為業務主管。